Vor allem im Herbst sollte der Pflege des Gartenteichs besondere Aufmerksamkeit geschenkt werden. Nicht selten wird Laub in den Teich gelegt, was zu einer unerwünschten Anreicherung von 
Nährstoffen führt.
Da das Herbstlaub nach einigen Tagen durchgeweicht ist und dann untergeht, sollte es mehrere Male in der Woche abgefischt werden. Wem diese Arbeit zu mühevoll ist, der kann auch ein Netz über die Wasserfläche spannen und so das Laub einsammeln. Bei der Pflege im Herbst beseitigt man darüber hinaus auch die verwelken Blätter von Seerosen sowie anderen Wasserpflanzen und befreit den Teichboden von Schlamm. Je weniger organische Stoffe in der kalten Jahreszeit im Wasser bleiben, desto günstiger sind die Überlebensbedingungen für die darin überwinternden Tiere. Fische senken zwar im Winter ihren Stoffwechsel auf ein Minimum, aber sie leiden unter Sauerstoffmangel und Faulgasen, wenn Bakterien organische Masse zersetzen. Zudem muss der Teich eine möglichst große Zone mit mindestens 80 cm Wassertiefe vorweisen, damit der auch bei harten Frostperioden nicht völlig durchfriert und die Tiere trotzdem überleben können.
Teichbelüftungspumpen oder Pumpen zum Betrieb eines Bachlaufs sowie Springbrunnen werden im Herbst abgeschaltet. Diese würden bei laufendem Betrieb verhindern, dass sich im Teich eine Temperaturschichtung einstellt.
Dabei sammelt sich in den Tiefenschichten des Teichs das 4 °C kalte Wasser, weil dies die größte Dichte hat. Wärmeres und auch kälteres Wasser ist leichter und steigt an die Oberfläche. Wird dabei das Wasser ständig durchmischt, kann auch Wasser, das kälter als 4 °C ist, auf den Grund des Teichs gelangen und die dort befindlichen Lebewesen gefährden.
Zu empfehlen ist auch, einen Teil der Uferzone mit Schilfrohr, Binsen oder anderen Gräsern zu bepflanzen. Diese Pflanzen sichern eine natürliche Belüftung durch die Eisdecke hindurch. Die trockenen Röhrichte sollten beim Herbstputz nicht abgeschnitten werden. Ein spezieller Eisfreihalter lässt zudem Faulgase entweichen. Das Wasser darf in dieser Zeit auf keinen Fall ausgetauscht werden. Da die Temperaturen beständig fallen, verlangsamen sich alle biologischen Prozesse und damit auch die Selbstreinigung des Teiches. Ein Wasseraustausch würde zu diesem Zeitpunkt eine erhebliche Störung darstellen.
Verjüngung von Seerosen
Bei der herbstlichen Teichreinigung wird auch der Wurzelstock von Seerosen verjüngt. Hierzu wird ein Großteil der Wurzeln entfernt und lediglich ein kleiner Teil mit mehreren Trieben im Teich belassen. Dieser wurzelt dann selbstständig wieder in den Grund ein, wenn Kontakt zum Boden besteht.
Sollte das nicht der Fall sein, kann der Wurzelstock auch mit einem Stein beschwert werden. Winterharte Seerosen können ab einer Teichtiefe von ca. 80 cm sehr gut überwintern.